Козаки розділилися на дві групи: міські (українські) та січові (запорізькі). Перші змушені були за місцем проживання визнавати польську владу, другі були абсолютно незалежними. Між тими та іншими існував тісний зв'язок. Польські пани запрошували обидві групи козаків до своїх військових походів. За Стефана Баторії було складено реєстр козаків, які вміють воювати, і лише вписаних у цей реєстр поляки називали козаками. Найстарший над козаками носив звання гетьман. Стефан Баторій знайшов вождя, здатного подолати анархію, навести відносний порядок та дисципліну серед козацького братства та встановити заслін на південних рубежах від нападів татар. То справді був Богдан Ружинський (1575-1576), якого визнавала більшість козацтва. Баторій офіційно привласнив йому посаду гетьмана України. Йому були надані владні регалії, які надалі стали традиційними: булава, бунчук (штандарт із кінської гриви), печатка та прапори, які Польща вручала своїм найманцям. За Ружинського козаки отримували від Польщі землі та гроші, а також було розроблено метод захисту кордонів – який став основою військової організації запорожців. Старше покоління, ветерани кількох військових кампаній, вели сімейне життя у козацьких поселеннях (станицях), розкиданих уздовж берегів Дніпра. Вони обробляли землю, пасли худобу та коней, головне багатство козацької громади. Молоді здорові чоловіки збиралися до військових таборів, виїжджали до козацьких дозорів (роз'їздів) чисельністю по 3-5 осіб, об'їжджаючи прикордонні території. Вони будь-якої миті були готові до відображення набігів татар. Головним табором була Запорізька Січ – примітивно укріплена фортеця на Дніпровських островах. До кінця XVI століття не тільки гарнізон Січі та добірні війська становили збройну силу козаків, а й так зване ополчення, яке було розквартовано у сільських поселеннях вище за Дніпровські пороги, де козаки після набігів селилися зі своїми дружинами та дітьми. Тут вони почали орати під зернові хліба жирні українські степи. То була особлива військова козацька система. 1578 року були сформовані перші козацькі полки під керівництвом полковників. Полк складався з 10 сотень, якими керували сотники та їхні помічники, сотені осавули. Число козаків, внесених до реєстрових списків, було мало, всього близько 6 тисяч, виходячи з економії коштів на їх утримання. Козацькі полки у роки війни входили до складу польської армії. Реєстрові козаки, офіційно визнавали польською владою і отримували від неї грошове утримання по червінцю на кожного простого козака та по кожуху. Але, переважна більшість, дев'ять десятих козаків залишилися поза реєстру. Нереєстрові козаки теж кликали «під рушницю», коли це було необхідно. Ці козаки часто знаходили захист своїх інтересів у вільній Запорізькій Січі, куди вони тікали від утисків з боку поляків. У Січ дозволялося приймати і кріпаків, які тікали від поміщиків. Однією з найважливіших вимог для вступників у Січ було вміння гребти, ювелірно працювати веслами проти течії, що необхідно було вміти для плавання по Дніпру, серед островів та порогів. Начальник військового гарнізону Січ носив звання кошового отамана. Обирався він демократичним шляхом - загальним голосуванням. Ця людина, яка мала необмежену владу, могла бути у будь-який момент зміщена зі своєї посади, теж загальним голосуванням. Збори членів братства скликалися ударами у гонг чи просто гучними криками. З будь-якого, навіть найменшого приводу, отаман разом зі своїми підлеглими, осаулом і писарем, могли постати перед загальними зборами козаків. Перед зборами козаки, як правило, приймали міцні напої, тому обговорення проходило бурхливо та супроводжувалося гучними криками, часто доходило і до кровопролиття. Більшістю невдоволених козаків, що голосно кричали, отаман знімався з посади, насунув на голову свою велику баранячу шапку і ставав звичайним козаком на рівних правах з іншими. Досить смішно проходило обрання нового отамана. Його кандидатуру представляли по черзі чоловік 10 козаків, що напідпитку. До того ж правила етикету вимагали, щоб кандидат не менше двох разів відмовився від запропонованої посади. Тоді козаки його ніби вмовляли, підбадьорюючи поплескуванням по плечах та спині. Ці бавовни могли бути такими сильними ударами, що кандидат міг неодноразово опинитися на землі. Наприкінці, коли той погоджувався, найстаріші козаки обмазували його обличчя та бороду рідким брудом. Після цього новий отаман повинен був вимовити подяку за надану довіру. Цей досить грубий незвичайний ритуал, очевидно, мав показати отаману, що він такий самий, як усе, що не повинен забувати свого козацького походження, бо будь-якої миті може знову стати простим козаком. За своє керівництво отаман не отримував жодної плати. Італієць Гамбаріні в 1584 писав: «Деякі з козаків перебувають на службі у короля і живуть на островах під владою гетьмана, захищаючи кордони від татар. Інші, здебільшого, є працівниками, які заробляють собі на життя, грабуючи турецькі та татарські землі, повертаючись додому зі здобиччю. Якщо спробувати, то можна зібрати близько 14-15 тисяч людей, які становитимуть відмінне військо з цих хлопців. Їх спричиняє не так видобуток, як слава, і вони готові до будь-яких небезпек. Їх озброєння складається зі шабель та рушниць і вони ніколи не промахуються. Вони чудові піхотинці та кавалеристи, і їх називають «козаками». Вони живуть у хатинах, критих очеретом, і їдять усе, що попадеться під руку. Їхню основну їжу складає риба і те, що вони забирають у татар. Вони ніколи не їдять хліба та п'ють тільки чисту воду. Серед них є люди різних національностей: поляки, німці, французи, італійці та іспанці, які з різних причин не можуть повернутися до себе на батьківщину. Тут вони знайшли собі надійний притулок. Їх тут ніхто не дістане. У тому числі дуже сильні ідеї товариства. Вони мешкають на островах. Ліси тут удосталь, і вони будують із нього переносні огорожі. Ніхто не може захопити ці острови, і не лише захопити, а й знайти їх, якщо не знає, як туди пробратися. Козаки також чудові моряки; у них є добрі судна, на яких вони ходять грабувати турецьке узбережжя». Були ще польські піддані, які не вступали до реєстру, а поживши у Січі, повернулися до своїх домівок. Побували в битвах проти турків і татар, здобувши військовий досвід, «лицарську славу», вони часто збиралися у збройні загони, «своєвільні купи» (зграї) і обирали собі отамана. Ці купи стали страшними для Польщі і порушували проти себе суворі постанови Сейму. Таким чином, крім козаків містових (реєстрових), які мають тверду чисельність і отримують державну платню та козаків січових, чисельність яких постійно змінювалася через стихійну міграцію з України та назад, які самі себе утримували, було ще безліч козаків свавільних, що складалися з панських холопів , які обирали собі гетьманів. Ці свавільні козаки організовувалися за принципом бандитських зграй, очолюваних отаманами. При цьому все населення України прагнуло називати себе словом «козак».
