Досвідчений воєначальник Жолкевський хотів зробити так, щоби «реєстрові козаки», які не підтримали останнє повстання, самі розправилися з січовиками. Однак ця політика призвела лише до зростання чисельності Запорізьких козаків та зміцнення Січі. Особливо підбадьорилася Січ, коли з'явився її колишній отаман Самойло Кишка (Кішка), дуже популярний серед козаків, якому вдалося втекти з багаторічного турецького полону. Ні польський Сейм, ні досвідчений вояка Жолкевський не змогли впоратися із нереєстровими козаками. Більше того, і Сейм, і польський король багаторазово вдавалися до допомоги Запорожців, вирішуючи свої міжнародні спірні питання з іншими державами. Польське військо завжди було відносно нечисленним, оскільки воно містилося переважно не за рахунок скарбниці, а за рахунок власних коштів короля та великих воєначальників типу Замойського, Жолкевича та Ходкевича. Вибити гроші з Сейму на потреби армії завжди було дуже важко, і це обмежувало кількість солдатів, які служили польській короні. Навіть у роки війн число солдатів становило трохи більше 10-20 тисяч жителів. Тому поляки за потреби закликали на певний час під свої прапори найманців, переважно козаків, які боролися за невеликі гроші, або як поляки говорили «з чистої любові до війни та надії збагатитися за рахунок пограбування». Часто козаки вимагали від Сейму відновити відібрані у них права. Так, отаман Самойло Кишка у 1601 році привів чотири тисячі Запорожців на допомогу Замойському до Молдавії лише після того, як Сейм скасував усі несправедливі закони проти козаків та відновив усі колишні привілеї козацтва, але ненадовго. У 1602 році отамана Кишка було вбито в бою під Фелліном, і всі утискують козаків закони повернулися.
